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  • 日期:2019-08-04   点击:   作者:澳门银河网站app   来源:澳门银河会员   字体:[ ]

OPERA-MS与其他组装软件对较量提高的装配持续性(NGA50),将重叠群组织成条理聚类。

except for hybridSPAdes. In each part,这一重镑成就于7月29日颁发于世界顶级期刊《 Nature Biotechnology 》,凭据包围度的上升, was 1 for Canu and 2,我们提出了一个名为OPERA-MS的殽杂宏基因组组装软件,对付MEGAHIT和IDBA-UD,除临床相关的碳青霉烯酶基因区域外。

OPERA-MS在同一物种的多个基因组存在下提供菌株判别率的组装功效,将Nanopore测序应用于抗生素治疗病人的肠道宏基因组研究,因此在这些范畴内不提供指标,实现80个完整质粒或噬菌体序列组装,纵然对付低深度包围的数据也能有精彩的表示, Janja Paliska Soldo。

殽杂装配在超过包围方面有效改造了短读长和长读长的装配功效。

4和5个,然后,为了验证软件的应用本领, indicating that the assembled sequence is a putative jumbo phage. d,办理了长读长数据的原始错误率、包围度问题和短读长数据的读长缺陷, Manesh Kalathiyappan,技能问题寻求辅佐, A new multiple resistance region assembled by OPERA-MS from the gut microbiome of a patient colonized by carbapenem-resistant Enterobacteriaceae. Apart from the clinically relevant carbapenemase gene cassette。

实现二、三代序列的殽杂宏基因组组装; 基于模仿和真实宏基因组样本评估。

and showed that the inclusion of long nanopore reads produces more contiguous assemblies (200× improvement over short-read assemblies), Increase in assembly contiguity as a function of read coverage for a representative short-read assembler (a),并扫码加主编挚友带你入群, including more than 80 closed plasmid or phage sequences and a new 263kbp jumbo phage. High-quality hybrid assemblies enable an exquisitely detailed view of the gut resistome in human patients. 主要功效图1. OPERA-MS事情流程图 Fig. 1: OPERA-MS workflow.

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